Al ser un Programa del nivel de Doctorado la investigación se considera el eje y centro del Programa, en su organización y ejecución están comprometidos docentes y estudiantes en forma permanente. Los estudiantes deben formular, construir y desarrollar un Proyecto de Investigación que va a ser la base de su Tesis doctoral en el que están acompañados y asesorados por un Doctor  vinculado al Programa o a una universidad de la RED o a una universidad del país.

Al terminar los Seminarios del  Plan de Estudios, los estudiantes deben realizar una Pasantía en una universidad extranjera la que tiene por objetivo cualificar el Proyecto de Tesis bajo la dirección de un Doctor-investigador quien se desempeñará como Tutor internacional de su Tesis. Las actividades –seminarios, conferencias, talleres, consulta en bibliotecas o archivos según el tema del proyecto – deben estar en función del Proyecto de Tesis doctoral.

Después de la Pasantía el estudiante con el aval de su Director presenta el Examen de Suficiencia que consiste en la sustentación de su Proyecto ante un Jurado quienes,  evalúan previamente el Proyecto. Si aprueba, el estudiante pasa a desarrollar la investigación correspondiente a  la Tesis doctoral bajo la dirección de un Doctor que puede ser o no el mismo que le dirigió el Proyecto.

El tema de investigación de la Tesis doctoral del estudiante debe ser coherente con una de las Líneas de Investigación  de uno de los Grupos de Investigación que sustentan el Doctorado, en el que desarrollan investigación los docentes del Programa,  y se debe vincular al Grupo de Investigación.

Desde esa perspectiva hay una vinculación directa docentes-profesores en torno al Proyecto o a la Tesis doctoral como directores de la investigación o jurados del proyecto. Además, el docente que dirige un Proyecto de Investigación tiene responsabilidades con las actividades que hacen parte del Campo de Investigación y Producción y que el estudiante debe realizar; actividades que se deducen de la investigación del Proyecto de Tesis:

-escritura de artículos

-participación en Congresos

-realización de la pasantía

Por su parte todos los docentes del Programa son investigadores, y  pertenecen a un Grupo de Investigación ya sea registrado en el Sistema de Investigaciones de la Universidad de Nariño o perteneciente a un Grupo de  Investigación de Colciencias.